Klikr má i své nevýhody, a to je zejména skutečnost, že vyžaduje pro správné použití jistou dávku jemné motoriky a funkční spojení oko – ruka (vidím chování – stisknu klikr). A vlastně vyžaduje mít volnou ruku, i když je pravdou, že teoreticky se dá klikat i palcem u nohy nebo zuby.

Klikr je pouze „nástroj“, a proto logicky mohou nastat situace, kdy není nejvhodnějším nástrojem nebo kdy je dokonce používán špatně.

Troufneme si tvrdit, že „označovač“ je dnes obecně uznávaným nástrojem pro efektivní mezidruhovou komunikaci. Jeho efektivita spočívá především v jeho jednoznačnosti, rychlosti a přesnosti.